Historia Kuratorium Oświaty w Krakowie rozpoczyna się wraz z wejściem w życie rozporządzenia Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z dnia 18 września 1921 roku w przedmiocie zmiany granic okręgu szkolnego lwowskiego i utworzenie okręgu szkolnego krakowskiego (Dz. U. Nr 82, poz. 575). Przepisy tego rozporządzenia wydzieliły z okręgu szkolnego lwowskiego obszar obejmujący województwo krakowskie i utworzyło w granicach tego województwa okręg szkolny krakowski, z siedzibą Kuratora tego okręgu w Krakowie. Na mocy rozporządzenia Ministra Wyznań Religijnych i oświecenia Publicznego z dnia 19 marca 1926 roku o zmianie granic okręgów szkolnych warszawskiego i krakowskiego (Dz. U. Nr 36, poz. 234) do okręgu szkolnego krakowskiego włączono również obszar obejmujący województwo kieleckie, które dotąd podlegało okręgowi szkolnemu warszawskiemu. Pierwszym Kuratorem Okręgu Szkolnego Krakowskiego został Jan Owiński profesor Gimnazjum św. Anny w Krakowie.
W słowie wstępnym zawartym w Dzienniku Urzędowym Dla Okręgu Szkolnego Krakowskiego wydanym przez Kuratorium Okręgu Szkolnego Krakowskiego w Krakowie z dnia 9 marca 1922 roku napisał „Powołany uchwałą Rady Ministrów i wolą Naczelnika Państwa na trudne i ciężkie stanowisko Kuratora Okręgu Szkolnego Krakowskiego, korzystam ze sposobności ukazania się pierwszego numeru naszego „Dziennika Urzędowego”, aby nauczycielstwo okręgu serdecznie w jego wytrwałej pracy na polu szkolnictwa powitać. Nauczycielstwu tego właśnie okręgu nie trzeba mówić o tem, co to obowiązek, poczucie godności zawodu, co to nigdy stygnąć nie mający zapał w dążeniu do utwierdzenia i podniesienia narodowego szkolnictwa; nauczycielstwo krakowskiego Okręgu w tem właśnie wzrosło, tem przed Narodem jeszcze w czasach niewoli świadectwo o sobie dawało. Jako przedstawiciel Najwyższej Władzy naszej w okręgu powinienem tylko jedno powiedzieć: W pracy dalszej, żmudnej i znojnej, na którą Naród i Państwo liczy, na której przyszłość swą buduje – „Szczęść Boże”! ”.
Do zakresu działania kuratora okręgu szkolnego na mocy art. 4 ustawy z dnia 4 czerwca 1920 roku o tymczasowym ustroju władz szkolnych (Dz. U. Nr 50, poz. 304) należało m.in. administrowanie instytucjami wychowawczymi i oświatowymi oraz szkołami ogólnokształcącymi, a także nadzór, opieka i kontrola nad szkolnictwem, wychowaniem przedszkolnym i pozaszkolnym oraz oświatą w okręgu.
Kuratorium Okręgu Szkolnego Krakowskiego zaprzestało działalności po zajęciu Krakowa przez wojska niemieckie we wrześniu 1939 roku. Wznowienie działalności w 1945 roku nastąpiło na podstawie przepisów wydanych przed II wojną światową, przy czym rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 5 września 1946 roku, o okręgach szkolnych (Dz. U. Nr 47, poz. 269) ustaliło krakowski okręg szkolny, obejmujący obszar województwa krakowskiego, z siedzibą Kuratora Okręgu Szkolnego w Krakowie. W 1950 roku Kuratorium Okręgu Szkolnego Krakowskiego zostało zlikwidowane na mocy art. 36 ustawy z dnia 20 marca 1950 roku o terenowych organach jednolitej władzy państwowej (Dz. U. Nr 14, poz. 130), a jego zadania przejął Wydział Oświaty Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Krakowie.
Kuratoria okręgów szkolnych ponownie zostały przywrócone, jako terenowe organy administracji państwowej podległe prezydiom rad narodowych, na mocy rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 18 kwietnia 1958 roku w sprawie kuratoriów okręgów szkolnych i inspektorów oświaty (Dz. U. Nr 25, poz. 104 ze zm.). Powstałe kuratoria okręgów szkolnych przejęły zakres działania istniejących dotychczas wydziałów oświaty prezydiów wojewódzkich rad narodowych. W świetle § 6 cytowanego rozporządzenia kuratorium okręgu szkolnego kierowało sprawami szkół i innych placówek oświatowo – wychowawczych należących do właściwości rad narodowych i w tej formie funkcjonowało do 1973 roku. Po przywróceniu w 1973 roku wojewody jako terenowego organu administracji państwowej, Kuratorium Okręgu Szkolnego Krakowskiego w latach 1973-1975 działało jako wydział Urzędu Wojewódzkiego w Krakowie.
Z dniem 1 czerwca 1975 roku. Urząd Wojewódzki w Krakowie przestał istnieć na mocy ustawy z dnia 28 maja 1975 roku o dwustopniowym podziale administracyjnym państwa (Dz. U. Nr 16, poz.91 ze zm.), a kompetencje wojewody przejął Prezydent Miasta Krakowa, natomiast kuratorium do 1990 roku, pod nazwą Kuratorium Oświaty i Wychowania w Krakowie, wchodziło w skład Urzędu Miasta Krakowa.
Z dniem wejścia w życie ustawy z dnia 17 maja 1990 roku o zmianie ustawy o rozwoju systemu oświaty i wychowania oraz ustawy – Karta Nauczyciela (Dz. U. Nr 34, poz. 197) tj. 26 maja 1990 roku kurator oświaty i wychowania stał się terenowym organem rządowej administracji specjalnej do spraw oświaty i podlegał bezpośrednio Ministrowi Edukacji Narodowej. Do zadań Kuratora Oświaty i Wychowania w Krakowie należała realizacja polityki rządu w zakresie oświaty i wychowania na terenie województwa krakowskiego.
Z dniem wejścia w życie ustawy z dnia 7 września 1991 roku o systemie oświaty (Dz. U. Nr 95, poz. 425) oraz zarządzenia Nr 25 Ministra Edukacji Narodowej z dnia 12 listopada 1991 roku w sprawie zasad organizacji kuratorium oświaty (Dz. Urz. MEN nr 7, poz. 31), od 1 stycznia 1992 roku do dnia dzisiejszego urząd funkcjonuje jako Kuratorium Oświaty w Krakowie.
Następne zmiany dotyczące Kuratorium Oświaty w Krakowie związane są z wejściem w życie reformy administracyjnej. Od 1 stycznia 1999 roku terytorium Polski zostało podzielone na 16 województw. Istniejące do końca 1998 roku Kuratoria Oświaty w Nowym Sączu, Tarnowie oraz w innych miastach wojewódzkich uległy likwidacji, a ich zadania, w całości lub w części, stały się zadaniami Kuratorium Oświaty w Krakowie. Jednocześnie Kurator Oświaty w Krakowie stał się Małopolskim Kuratorem Oświaty, organem uprawnionym do wykonywania zadań z zakresu oświaty na terenie utworzonego wówczas województwa małopolskiego.
Małopolscy Kuratorzy Oświaty po 1989 roku:
- Jerzy Lackowski 1990-1998 (jako Kurator Oświaty w Krakowie)
- Jerzy Lackowski 1999-2002
- Elżbieta Lęcznarowicz 2003-2006
- Józef Roztworowski 2006-2008
- Artur Dzigański 2008-2009
- Aleksander Palczewski 2010-2016
- Barbara Nowak 2016-2023
- Gabriela Olszowska 2023 – nadal